Zemědělská výroba dříve bývala téměř bezodpadová. Rostlinné zbytky i hnůj se využívaly jako přírodní hnojivo. Vše bylo založeno na uzavřeném koloběhu: půda – krmivo – zvíře – hnůj – půda. Dnes při zemědělské výrobě vzniká bioodpad, který není navracen zpátky do půdy, ale může být zužitkován například v bioplynových stanicích, případně na kompostech.
Ačkoli se běžný chlévský hnůj vrací alespoň v některých oblastech na pole, aby půdu obohatil o živiny, neplatí to vždy a všude. Na exkrementy z velkochovů bývá často pohlíženo jako na odpady, které se mohou využít i jinak, než je zaorat do půdy. Odpady ze zemědělství, zahradnictví, lesnictví, myslivosti a rybolovu jsou rozdělené na následující kategorie:
| 020101 | Kaly z praní a čištění |
| 020102 | Odpad z živočišných tkání |
| 020103 | Odpad z rostlinných tkání |
| 020104 | Odpadní plasty (kromě obalů) |
| 020106 | Zvířecí trus, moč a hnůj, kapalné odpady sbírané odděleně a zpracovávané mimo místo vzniku |
| 020107 | Odpad z lesnictví |
| 020108 | Agrochemické odpady obsahující nebezpečné látky |
| 020109 | Agrochemické odpady neuvedené pod kódem 020108 |
| 020110 | Odpadní kovy |
| 020199 | Odpady jinak blíže neurčené |
Hnojiště a kompostovině
Odpady ze zemědělské výroby, jako je hnůj nebo rostlinné zbytky, mohou být skladovány na hnojištích, kompostovištích a ve sběrných jímkách (močůvka). Hnojiště a kompostoviště musí být stavěny jako nepropustné. Do kompostu lze ukládat různé rostlinné odpady (sláma, seno, zbytky rostliny). Kompost i hnůj slouží k opětovnému obohacení půdy živinami.
Bioplynové stanice: Energie z exkrementů
Při rozkladu exkrementů zvířat i dalších organických odpadů ze zemědělství vzniká bioplyn, který obsahuje kolem 60 až 70 procent metanu. Bioplyn je možné využít k vytápění i výrobě elektrické energie (v některých případech i současně, tzv. kogenerace).
Na stlačený bioplyn zase mohou jezdit motorová vozidla. Zajímavým řešením zužitkování odpadu ze zemědělství je tzv. trigenerace. V tomto případě je vyráběna nejen elektřina a teplo, ale část vyrobeného tepla se zužitkovává přímo v bioplynové stanici a slouží k ohřevu fermentorů, kde probíhají rozkladné biochemické procesy.